万历二十七年（1599年），努尔哈赤令额尔德尼等以蒙古文字母创制满文，有了自己的文字。此后设牛录，建八旗，四十四年建立后金政权，设五大臣、十扎尔固齐，开始自成体系。但是仍未完全摆脱蒙古文化的影响，五大臣及扎尔固齐官名都保留着旧称。[161]
明代蒙古族文化对藏族和维吾尔族也产生了一定的影响。
明代蒙藏交流非常密切，蒙古文化也给予藏族一定的影响。如万历三十年（1602年），西藏三大寺派出正式代表前往蒙古，承认蒙古俺答汗之曾孙为三世达赖的转世灵童，并迎请入藏，这就是四世达赖云丹嘉措，他是历辈达赖喇嘛中唯一出身于蒙古族家庭的达赖喇嘛。万历四十四年（1616年），年仅28岁的四世达赖云丹嘉措突然圆寂。对于他的暴亡，当时西藏社会各界一般认为是第悉藏巴地方政权的建立者彭措南杰派人下的毒手，因为当时第悉藏巴的势力已深入前藏，而且为限制已与蒙古建立良好关系的格鲁派势力的发展，在四世达赖圆寂后，下令禁止寻找他的转世灵童。后来，在四世达赖的管家索南饶丹等人的请求下，蒙古和硕特部固始汗率兵入藏，与格鲁派联合攻灭第悉藏巴政权。固始汗与格鲁派联合掌握西藏政权，五世达赖因而成为西藏地方政治、宗教首领之一。