在南北战争的另一战场四川，1917年8月，北京政府派吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，率北洋军第八师另两个旅于10月下旬入川驻渝，意图控制川政，威胁西南。此时，川军第五师师长熊克武及在川的滇、黔军已声明参加护法，并将所部改称“靖国军”，他们联合进攻重庆，吴光新并未作像样的抵抗即于12月3日率部退出重庆，4日，“靖国军”黔军袁祖铭等部占重庆，北洋军进攻四川的计划失败。
在护法阵营的后方广东，潮梅镇守使莫擎宇在北洋系的利诱之下，于1917年10月22日宣布“独立”。其后，北京政府一面令福建督军李厚基出兵援莫，一面在11月间任命蛰居于海南岛的两广矿务督办龙济光为两广巡阅使，由其领兵自西向东攻打广州。在粤桂军主力于1918年初发起讨龙之役，进展顺利，4月下旬击败龙部，龙济光出逃。与此同时，陈炯明出任援闽粤军总司令，率部自粤东出击闽南，占据闽南20余县，与李厚基部处在对峙中。
就在湖南的北洋军顺利向前推进之时，其阵营内部又起重大变化。曹锟、吴佩孚自认对北洋军“南征”贡献最大，但北洋军进占长沙后，段祺瑞“举贤不避亲”，将湘督职位畀予皖系军人张敬尧，显见其以皖系为中心的派系意识，使曹、吴大有为他人作嫁之感，也颇感没有面子，尤其是吴佩孚，“以转战湘中，克复岳、长之伟绩，反令张敬尧安居湘督之位，尤愤不能平”，因此而对继续南进表示消极。4月24日，段祺瑞亲下汉口，召集直督曹锟、鲁督张怀芝、鄂督王占元、豫督赵倜和其他七省督军代表开会，督促北洋军继续南进。但曹、吴认为，即便自己的军队继续进击，也无非是替皖系扩大地盘，于己并无实利，因此对南进始终持消极态度。5月20日，曹锟电告北京政府，己部“伤亡过众，疲顿异常”，“默察时局，今非昔比，武力解决，甚非易也”；要求“一面迅派军队驰进接防，一面急筹解决良策”，“速谋结束，否则万难支持”。段祺瑞接电后“勃然变色”，即拟复电告诫曹锟“不应他有顾虑”，如“再有所说，即调其独回面议”。而徐树铮等则认为“下手尚非其时”，“总以不破面目为宜”。但徐树铮随后去汉口“抚慰”曹锟的结果，是曹锟在29日以“养病”名义率其司令部人员离汉回津，明白表示其消极怠战的态度。此后，直军与护法湘军代表在耒阳前线秘密谈判，并于6月15日成立停战协定，湖南的南北战事暂时又基本停止了。