一天下午，太子请秦王到东宫赴宴。席间，太子和齐王元吉不断称颂秦王世民的武功，频频劝酒。席间，秦王忽然觉得头晕目眩，两腿发软，情知中毒，站立起来想走，却倒在地上。太子忙令人把世民送到秦王府，后经抢救，幸免于死。太子为达到目的，又怂恿皇帝想方设法对世民下毒手。
李渊郊外打猎，要世民陪驾前往，暗中叫部下给世民配一匹烈马。当世民纵马操弓追赶一头鹿时，烈马野性大发，把世民甩下马来，险些摔死。时值突厥人攻城掠地，太子荐齐士元吉代替世民督军北征，并调秦王集团的尉迟敬德等同行，又挑选秦王帐下的精锐士卒去充实元吉的军队。临出征时，太子东宫的人暗中向世民告密说：“太子和齐王商量，待太子和秦王在昆明池给齐王饯行时，派壮士把秦王拉出杀于帐下，同时杀掉尉迟敬德等人。”世民于是和谋臣长孙无忌等商量，无忌主张趁早下手。世民说：“我早知祸在朝夕，我是要想等他先发难，然后以义去讨伐他。”接着，又召房玄龄等人商议，都主张立即采取行动。尉迟敬德说：“等太子动手时，我们就无法应付了，如不立即采取行动，我就去落草为寇，免被杀头。”最后秦王说：“既然如此，我也不好违反大家的意思。”于是秦王立刻派一千余人于深夜埋伏在玄武门内外。第二天早上，太子和齐王骑着马，带领卫士进人玄武门，在他们登向临湖殿时，发现埋伏着秦王的部队，连忙返身奔向玄武门，但玄武门已被紧紧关闭，伏兵尽起，杀死了太子和齐王。太子东宫的卫队二千余骑闻讯赶来，一场混战。尉迟敬德用长矛挑着太子的人头向太子的卫队说：“我们奉皇帝陛下的命令，杀了太子和齐王。我们只杀罪魁祸首，你们赶快停止厮杀。”于是太子东宫的将士纷纷逃散或放下武器。