吴佩孚得知河南战事之后,急忙发出通电,奉劝冯玉祥不要牵连过多。此时奉军战败的消息传来,赵倜便知道自己匆忙间走了一步错棋。此时北京政府已就河南战事下达停战令,但冯玉祥并不理会停战令,率部进攻中牟,直抵开封城下。11日,北京政府调冯玉祥为河南督军,赵倜撤职查办,并令刘镇华暂兼陕西督军。赵倜自知已无力回天,乃逃往归德,其弟赵杰早已先行逃匿,只剩一个可怜的宝德全孤军困守开封。其时吴佩孚正借用冯玉祥的部队激战直隶,又假手冯玉祥驱逐赵倜,因此对冯玉祥的行径亦只能睁一只眼闭一只眼。14日,冯玉祥部开进开封,15日,他杀掉宝德全,并解散了其所部第二师。
直奉战争中,冯玉祥率部挺进中原,为吴佩孚稳固后方,自然是立下大功一件。哪知道直奉战争结束之后,吴佩孚自感冯玉祥拥兵河南,亦对自己构成威胁,便急于削弱冯玉祥的势力,并将他调离自己的身边。10月30日,北京政府宣布裁撤河南督军,原督军冯玉祥内调为陆军检阅使,以张福来督理河南军务善后事宜。张福来是直系将领,还是在吴佩孚担任第三镇炮兵第三标第一营管带时,就已经跟在吴佩孚左右,是吴佩孚的心腹。吴佩孚调冯玉祥入京做官,是明升实降,冯玉祥入京只允许带一个师的人马,就相当于是削去了其一半的兵力,冯玉祥自然是百般不乐意。多亏曹锟多方劝慰,冯玉祥最后才算是勉强同意就职,自此以后,冯玉祥便倒向“保定派”,对直系军阀亦感到万分失望。