朱耷长于水墨写意，这时宋元以来兴起的一种画法，发展到明清时代，出现了许多文人水墨画写意大师，朱耷为其划时代的人物，在水墨写意画中，又有专擅山水和专擅花鸟之分，朱耷则两者兼而擅之。
朱耷的书法长于行草，从其传世的作品看，早期独立的书法作品较少，主要是在画幅上的题款和题跋。在这些作品中，我们可以看出，其年轻时在书法学习上下过很大的功夫，对楷、行、篆、隶等各种书体都有涉猎。最初，八大山人受欧阳询的影响很深，稍后学董其昌的行草，又转入黄庭坚的夸张开阔等，多方探索，再追寻魏晋人书法的气质，终于参用篆书笔法，形成自己独特的风格：中锋圆润，又婉约多姿且厚重浑成，富有晋人气度。他的书法的成就，主要是笔法的改变。行草书丰富的笔法，多变的结体及摇曳多姿的笔势，最能展现书家的才性。八大山人晚年的书法作品多为行草书，其行草书在其六十岁以前取法前人较多，如“二王”、孙过庭、颜真卿、黄庭坚、董其昌等。他对宋人黄庭坚草书的学习的成就在于摆脱了黄庭坚行笔振颤的特点，结字也更为丰富，或长或扁，取用了欧阳询书法中的许多结字元素。六十岁前后，他的书画落款改用“八大山人”，在以后的时间里，以立轴、册页、手卷、扇面等各种形式出现的独立书法作品大量增多，这表明朱耷在六十岁以后倾注在书法上的时间越来越多。七十岁左右，朱耷的书法风格已趋成熟。用笔上，把《石鼓文》的篆书笔法运用到行草书的创作当中，使得书法的线条圆厚平实、简洁而不简单，提按顿挫等书写技法被简略，这与稍早他的王铎书法形成了鲜明的对比。其书法线条更加自然质朴。在结体上，八大山人千方百计地利用汉字的书写特征，对结字进行了夸张的变形，形成外紧内松、尽力伸张的构架。每个字都力避平正，整篇作品又在跌宕起伏中寻求平衡稳妥，空灵中充满着活力。他的传世作品有《刘伶酒德颂卷》《行书轴》《申时行百字铭》《禹王碑文》等。