《恰克图条约》签订以前，雍正已在准备对准噶尔用兵，条约正式签订的第二年(1729)即开始了西北两路进军，讨伐噶尔丹策零。出师后，他派满泰、阿思海前往土尔扈特，托时、广锡前往俄罗斯，告知该汗和沙皇对准噶尔用兵之事。前文说过，清军出发之初，噶尔丹策零谎称有和好之意，清军暂停进攻，这时，雍正命将此事通知满泰、托时等人，要他们将情况向使往处说明。雍正联络土尔扈特，无疑是利用其与准噶尔的历史性矛盾，以孤立准部。把中国内部事务正式通告俄国，是制止俄国勾结噶尔丹策零，利用中国分裂势力侵略我国的恶劣行径。
中俄既然签订了《恰克图条约》,它对双方都有约束力，它所规定的中俄喀尔喀地区的边界，也是准噶尔部内野心家觊觎的地方。俄国人如果不想破坏这个条约的话，就不能公开的、大规模的支持准噶尔分裂势力的活动。事实上，条约签订后，在所规定的边界地区，没有发生大的变化。清朝政府也加强了喀尔喀地区的防务，设立卡伦(边防哨所)五十九个，东边十二个属黑龙江将军统辖，西边四十七个由喀尔喀四部管理。