在南北战争的另一战场四川,1917年8月,北京政府派吴光新为长江上游总司令兼四川查办使,率北洋军第八师另两个旅于10月下旬入川驻渝,意图控制川政,威胁西南。此时,川军第五师师长熊克武及在川的滇、黔军已声明参加护法,并将所部改称“靖国军”,他们联合进攻重庆,吴光新并未作像样的抵抗即于12月3日率部退出重庆,4日,“靖国军”黔军袁祖铭等部占重庆,北洋军进攻四川的计划失败。
在护法阵营的后方广东,潮梅镇守使莫擎宇在北洋系的利诱之下,于1917年10月22日宣布“独立”。其后,北京政府一面令福建督军李厚基出兵援莫,一面在11月间任命蛰居于海南岛的两广矿务督办龙济光为两广巡阅使,由其领兵自西向东攻打广州。在粤桂军主力于1918年初发起讨龙之役,进展顺利,4月下旬击败龙部,龙济光出逃。与此同时,陈炯明出任援闽粤军总司令,率部自粤东出击闽南,占据闽南20余县,与李厚基部处在对峙中。
就在湖南的北洋军顺利向前推进之时,其阵营内部又起重大变化。曹锟、吴佩孚自认对北洋军“南征”贡献最大,但北洋军进占长沙后,段祺瑞“举贤不避亲”,将湘督职位畀予皖系军人张敬尧,显见其以皖系为中心的派系意识,使曹、吴大有为他人作嫁之感,也颇感没有面子,尤其是吴佩孚,“以转战湘中,克复岳、长之伟绩,反令张敬尧安居湘督之位,尤愤不能平”,因此而对继续南进表示消极。4月24日,段祺瑞亲下汉口,召集直督曹锟、鲁督张怀芝、鄂督王占元、豫督赵倜和其他七省督军代表开会,督促北洋军继续南进。但曹、吴认为,即便自己的军队继续进击,也无非是替皖系扩大地盘,于己并无实利,因此对南进始终持消极态度。5月20日,曹锟电告北京政府,己部“伤亡过众,疲顿异常”,“默察时局,今非昔比,武力解决,甚非易也”;要求“一面迅派军队驰进接防,一面急筹解决良策”,“速谋结束,否则万难支持”。段祺瑞接电后“勃然变色”,即拟复电告诫曹锟“不应他有顾虑”,如“再有所说,即调其独回面议”。而徐树铮等则认为“下手尚非其时”,“总以不破面目为宜”。但徐树铮随后去汉口“抚慰”曹锟的结果,是曹锟在29日以“养病”名义率其司令部人员离汉回津,明白表示其消极怠战的态度。此后,直军与护法湘军代表在耒阳前线秘密谈判,并于6月15日成立停战协定,湖南的南北战事暂时又基本停止了。