吴佩孚得知河南战事之后，急忙发出通电，奉劝冯玉祥不要牵连过多。此时奉军战败的消息传来，赵倜便知道自己匆忙间走了一步错棋。此时北京政府已就河南战事下达停战令，但冯玉祥并不理会停战令，率部进攻中牟，直抵开封城下。11日，北京政府调冯玉祥为河南督军，赵倜撤职查办，并令刘镇华暂兼陕西督军。赵倜自知已无力回天，乃逃往归德，其弟赵杰早已先行逃匿，只剩一个可怜的宝德全孤军困守开封。其时吴佩孚正借用冯玉祥的部队激战直隶，又假手冯玉祥驱逐赵倜，因此对冯玉祥的行径亦只能睁一只眼闭一只眼。14日，冯玉祥部开进开封，15日，他杀掉宝德全，并解散了其所部第二师。
直奉战争中，冯玉祥率部挺进中原，为吴佩孚稳固后方，自然是立下大功一件。哪知道直奉战争结束之后，吴佩孚自感冯玉祥拥兵河南，亦对自己构成威胁，便急于削弱冯玉祥的势力，并将他调离自己的身边。10月30日，北京政府宣布裁撤河南督军，原督军冯玉祥内调为陆军检阅使，以张福来督理河南军务善后事宜。张福来是直系将领，还是在吴佩孚担任第三镇炮兵第三标第一营管带时，就已经跟在吴佩孚左右，是吴佩孚的心腹。吴佩孚调冯玉祥入京做官，是明升实降，冯玉祥入京只允许带一个师的人马，就相当于是削去了其一半的兵力，冯玉祥自然是百般不乐意。多亏曹锟多方劝慰，冯玉祥最后才算是勉强同意就职，自此以后，冯玉祥便倒向“保定派”，对直系军阀亦感到万分失望。