战后，清朝中央政府试图收回被督、抚分割的财政权力，恢复旧有体制，在1864-1874年间进行了一些财政体制整顿和改革。这些整顿和改革，以赋税的整顿、盐税改革、关税开拓、厘金扩展、外债权下移为主要内容；关税和厘金收入有较大增长，财政收入状况也逐渐好转。
就田赋整顿而言，主要力图恢复原有的征收水平。田赋原本是清政府最重要的一项财政收入来源，在前一阶段，受战乱的影响，征收量大幅度地减少。有关记载说：各省丁漕收数，每年“十不得其四五”，甚至“十不及三四”。镇压了太平天国之后，清廷便开始整顿田赋，力图恢复原有的征收数额。其所采取的措施主要有下面两种：
一是清赋。所谓清赋，就是“清户口”、“清地籍”、“清地亩”，在此“三清”的基础上编制《丘领户》或《户领丘》的册籍，作为开征田赋的依据。清赋始于1864年5月，清廷命令两江总督曾国藩、江苏巡抚李鸿章整顿江南田赋，以正赋取代战争期间权宜采取的粮捐、亩捐等，并要求“认真收纳，年清年款”。在此后的三数年间，长江中下游六省普遍开展了清赋。陕西和云南也分别在1866年和1874年于镇压回民起义后而开始清赋。太平天国首义地区的广西，捻军及苗、回等其他少数民族起义地区的山东、山西、河北、广东等省，或在全省或在部分地区开展清赋。到光绪初年，清赋基本告一段落。