在黄宗羲的史学著作中，最能代表他史学成就的作品，首推《明儒学案》。
《明儒学案》全书62卷，记载了明代二百多年间学术思想的发展概况，把明季308名有成就的学者，依照时代顺序和各自的学术特点，分成不同的学派，采摘各家文集、语录，成立19个学案。该书内容可划分为三个时期，四个部分。明初9卷，以程朱理学为主，陆象山学派为次，先立“崇仁”、“河东”两学案。崇仁学案中以吴与弼为首，胡居仁、娄谅等人随后；河东以薛居首，吕柟等附之。这些人都属于程朱学派。又立“白沙学案”，以陈献章为主，属陆学一派，下启王（阳明）学之流。在初期9卷中，作者又分出“三原学案”，是河东薛氏一派派生出来的新派别。这说明黄宗羲在分立学案时，不但把握着各个学派之间的师承关系，而且还注意到各家之间的差别，使得各派分立条理清楚，持论允当，便于读者把握其脉络走向。
明朝中期部分，专述王学各家传承。首辟“姚江学案”，详细叙述这一学派创始人王阳明的学术思想。然后依次分列浙中、江右、南中、楚中、北方、闽粤各学案，这几个学案都师承王学。另有止修、泰州、甘泉三个学案，虽同出于王学，但各有不同，所以单列，以示王学变化。后期则包括东林、蕺山两学案。东林以顾宪成、高攀龙为代表；蕺山一派则仅列刘宗固一人。在中期与后期之间，另立“诸儒学案”，把以上各学派之外的学者收入其中，如实地反映明代学术发展的全貌，做到兼收并蓄，博采百家，体现出作者可贵的实事求是的精神。